医学院团委是全省首批团建工作标杆院系、2020-2021年度“陕西省五四红旗团支部”。在校党委、校团委的领导下，发挥在学校“大思政”工作格局中的重要作用，以习近平新时代中国特色社会主义思想和党的十九大精神为指导，教育青年团员牢树“四个意识”，坚定“四个自信”，做到“两个维护”。严格落实“三会两制一课”制度，充分发挥基层团支部的战斗堡垒作用，强化广大青年的思想政治教育工作，服务学生成长发展，加强组织建设。以“鱼化龙”大学生文化艺术节为契机，丰富学生第二课堂活动；以“鱼化龙青年驿站”为中心服务书院广大青年学子，引领青年思想、凝聚青年力量、促进青年发展。
医学院团委现有支部92个，团员2681名，在校支部60个，实习支部32个。
医学院团委办公室下设组织部和文秘部；医学院学生分会下设学习科技部、纪检部、宣传部、体育部；医学院艺术团下设声乐部，表演部，礼仪部及舞蹈部；社团部下设医学院阳光青年志愿者协会。
